1.民國55年(1966年),金門高中附設職業部,設一年制漁撈職業訓練班。
2.民國60年(1971年),正式設漁撈科。
3.民國64年(1975年),金門高中附設職業部遷於現址。
4.民國70年(1981年),獨立創校,名為「福建省立金門高級農工職業學校」。
5.民國73年(1984年),改隸國立。
金門四面環海,屬於海島地形,歷年來地區長官對於金門漁業的發展,一向不遺餘力,尤其注重漁業人才的訓練;早在民國五十五年,就在金門中學附設一年制漁撈訓練班,民國六十年正式設科;至今,不但為地區造就不少漁業和航業人才,更為我國遠洋漁業培育很多優秀幹部,對我國及地區漁業發展,極具貢獻。