府城六和境 開基靈祐宮 明朝首建真武廟

本廟位於當時承天府衙門（今赤崁樓）東北，由於其規模略遜位於鷲嶺的北極殿，所以時人稱為「小上帝廟」。康熙三十七年戊寅（1698年），總鎮張玉麒來台，在洋遭遇風暴，「夢神披髮跣足，自檣而降」，安平浪淨後安抵岸邊，為感念神恩，而修建本廟。

乾隆十五年庚午(1750年)，由於東安坊的縣署右有城守營，前有鎮標右營，每日槍砲演習，噪音不斷且連續七任知縣均在任內去世，當時剛上任的知縣魯鼎梅認為縣署不祥且過於狹隘，因此將它移建於鎮北坊赤崁樓右側(今成功國小位置)，坐東向西，與本廟相依也因此使得香火大盛。

清康熙、乾隆、嘉慶、道光及咸豐年間，均曾加以修繕。嘉慶二年丁巳重修，獻石爐奉祀玄天上帝，道光十五年乙未（1835年）三月，由陳炳極主倡再次重修，懸「赫聲濯靈」匾，咸豐六年丙辰（1856年）九月總理詹廷貴倡議重新修繕，書「天樞北極」匾。

民國二十一年(1932年)，因近臨的明治公學校（即今成功國小）為了擴充校舍，將正殿反向遷移於三川門前，改建於今址，形成今日坐東朝西之格局。後又於民國三十四年乙丑（1945年）太平洋戰爭期間，廟宇屋頂受轟炸而毀損，士紳吳險、郭啟、黃汝南等人於民國三十七年戊子（西元一九七二年）重修，翌年完成。四十七年（1958年）、六十一年（1971年），數度重修。

民國六十五年丙辰，組織管理委員會，綜理各項職務至民國七十三年甲子，又有修建廟貌之議，於是成立修建委員會，民國七十四年（1985年）重建，進行大規模整修，工程歷經六年完成，重建成今日之主要廟貌規模。尚保存清嘉慶二年古香爐，道光年間匾聯等古物。

民國七十四年（1985年）經內政部公告指定為臺閩地區第三級古蹟。